La creación del Mercosur en marzo de 1991 determinaba que a partir de 1995 entraría en vigencia la libre circulación de bienes, servicios y factores productivos en los países miembro, se implementarían una tarifa externa común (TEC) y un esquema de coordinación de las políticas macroeconómicas y sectoriales y se armonizarían las legislaciones en las áreas pertinentes. Si embargo en aquel momento estos objetivos fueron recibidos con escepticismo debido al poco tiempo requerido para su aplicación, la falta de estabilización macroeconómica y las divergencias entre las tarifas nacionales que hacían difícil vislumbrar una TEC conveniente para todos.
En diciembre de 1994, en la reunión de Ouro Preto, los gobiernos eran conscientes de que el objetivo de un mercado común no se lograría. Para garantizar la credibilidad del proceso de integración optaron por aprobar una unión aduanera incompleta, lo que exigió la aprobación parcial de la TEC. Luego de intensas negociaciones todavía había grandes diferencias con respecto a la TEC, de manera que la solución fue aceptar en forma temporaria tasas diferenciales para dos grupos de productos.
El primer grupo, compuesto por bienes de capital, fijó un arancel de entre 12% y 14%, 6 puntos porcentuales inferior a la tarifa de Brasil, superior a la de Argentina y Paraguay, ambas de 0%, y a la de Uruguay, de 10%. De este grupo también formaban parte los productos de informática y telecomunicaciones, cuya alícuota se fijó en 16%, lejos de 35% y 40% de Brasil. Las tarifas para estos productos eran idénticas a las de los bienes de capital en los otros países. Para eliminar estas diferencias se estableció un programa de convergencia lineal y automática para el año 2005 en el caso de bienes de capital, y en 2010 para la informática y las telecomunicaciones.
El segundo grupo, denominado Lista Nacional de Excepciones cubría, los productos para los que cada país resultaba inapropiado un cambio repentino en la tarifa nacional. Así, cada país seleccionó un conjunto de productos cuyas alícuotas convergerían en forma lineal y automática a la TEC en el año 2010.
Pronto se descubrió que la flexibilidad que permitió esa solución de compromiso político no sería suficiente. En algunos casos, los países miembros comenzaron a tomar iniciativas unilaterales que "traspasaban" la TEC, sobre la base de argumentos macroeconómicos, con o sin el consentimiento previo de sus socios. Esta práctica, aunque temporaria, se difundió entre todos los países miembros.
La Lista Nacional de Excepciones expiró en 2010 pero pronto fue reconstruida y permanece en vigor hoy en día, cambiando sólo el número de productos. En la actualidad, la Argentina y Brasil pueden alterar la tarifa de 100 productos, Uruguay de 225 y Paraguay 649.
La "perforación” de la TEC más controvertida ocurrió en el año 2001, cuando el gobierno argentino, con el fin de estimular el crecimiento económico, redujo unilateralmente los aranceles para bienes de capital del 14% al 0%, medida copiada inmediatamente por Paraguay y Uruguay. Esta libre entrada de maquinaria y equipos producidos por países fuera del bloque regional provocó fuertes reacciones de los productores brasileños, debido a la pérdida de la preferencia arancelaria. Sin alternativas, Brasil aceptó provisionalmente este cambio, que ha sido prorrogado sucesivamente. En octubre de 2010, el gobierno brasileño anunció que presentará una propuesta para la eliminación gradual de las excepciones de la TEC con el fin de servir a los intereses de todos los socios. Para tal fin deberá presentar una propuesta de revisión de la TEC, especialmente de los productos en las Listas Nacionales de Excepción, los bienes de capital y las telecomunicaciones.
La fijación de una tarifa aduanera del 12% y 16% para maquinaria y equipos ha sido siempre una fuente de grandes controversias, tanto en Brasil como en los países miembros del Mercosur. Por un lado está la preocupación de estimular la inversión privada para promover las exportaciones y el crecimiento económico; por el otro, se quiere evitar que dichos objetivos se logren a costa de eliminar la producción regional de bienes de capital. El disenso se ve agravado por el hecho de que Brasil es prácticamente el único productor regional de estos productos.
Una propuesta radical de un arancel nulo, como el que actualmente se aplica en Argentina, Paraguay y Urug